A PDF Cool "Security Setting" funkciójával kezelhetjük PDF fájljainkat oly módon, hogy megadhatjuk, ki férhessen hozzá egy adott dokumentumhoz. A fájlokat jelszóval védhetjük: 128-bit RC4, valamint 128-bit AES titkosítás közül választhatunk. Nem kell egyesével megadnunk a dokumentumokhoz jelszavakat, többet is kiválaszthatunk egyszerre egy adott jelszóhoz.